Material Didático 📚
1. Apresentações
1.1. Por Waldir Miron — Local
1.2. Por George Pacheco — Virtual
- Apresentação da Proposta do Minicurso
- Precisamos de Núcleos Computacionais! Mas O Que São Mesmo?
- Introdução ao Ambiente UNIX
- Reprodutibilidade
2. Material Adicional
2.1. Conteúdo Prático
Esperamos que o nosso minicurso tenha conseguido transmitir um pouco de como se dá a rotina de análise quando se trabalha com dados genômicos. Como seria de se esperar de um campo relativamente recente (o seu começo foi em 1990 com o início do Projeto Genoma Humano), a área da genômica está em constante evolução — desde a sua fundamentação teórica, passando pelas tecnologias de sequenciamento e, por fim, pelas ferramentas de análise de dados. Assim, tem crescido bastante a disponibilidade de material didático sobre análises de dados genômicos. Listamos abaixo alguns desses materiais, todos eles em inglês porém gratuitos:
2.1.1. Noções Básicas de Bioinformática & Tratamento de Dados
- Undergraduate Coding Club - Kelley Lab 2024 General introduction on common file types used in Bioinformatics.
- The Linux Command Line for Beginners A Ubuntu course for the very first steps on the command line.
- evomics — Intensive and Immersive Training Opportunities A brief introduction to several computer languages.
- Sandbox.bio Interactive bioinformatics tutorials with no setup required. Start straight from the browser.
- The Carpentries I Free Courses on Ecology, Genomics, and Other Science-related Fields.
- The Carpentries II Several courses on the basics of Bioinformatics.
- Bioinformatics Training at the Harvard Chan Bioinformatics Core Several courses on bioinformatic analyses.
- The Ultimate Git Beginner Reference Guide Uma introdução rápida sobre o sistema de controle de versões Git.
- Command Line Cheat Sheet Our cheat sheet explains the essential tasks on the command line. Download it for free.
- VCFArrow A fast and efficient R package for VCF manipulation and transformation.
2.1.2. Especiação, Genômica Populacional, Filogenômica
- evomics — Intensive and Immersive Training Opportunities The learning activities of the famous workshop on Popuation and Speciation Genomics held in Český Krumlov.
- Speciation & Population Genomics Physalia Course A full course for speciation and population genomics analyses.
- Datamonkey A server with Bioinformatics tools focused on selection detection.
- Timetree Resources Timetree is a platform where you can estimate time of divergence between organisms. They put together a list of resources from databases to phylogenetic software and literature.
2.1.3. Transcriptômica
- A guide to RNA-seq A full guide on RNA-seq, from sequencing to data analysis.
2.1.4. Apresentação de Dados
- Friends Don't Let Friends Make Bad Graphs A Github page on tips for data plotting.
- From Data to Visualization A compilation of graph types, their best uses, and associated code.
2.2. Conteúdo Teórico
O importante tema da reprodutibilidade em estudos evolutivos é continuamente tratado em artigos que tenham não somente descrever, mas também trazer melhorias no que diz respeito à descrição de dados e análises. Assim, abaixo então alguns artigos recentes que abordam o tema:
- The Reproducibility Crisis in Phylogenetic Analyses. Godoy et al. Journal of Vertebrate Paleontology. 2026.
- Reproducibility in Ecology and Evolution: Minimum Standards for Data and Code. Jenkins et al. Ecology and Evolution. 2023.
- Metaresearch for Evaluating Reproducibility in Ecology and Evolution. Fidler et al. BioScience. 2017.
- Transparency and Reproducibility in Evolutionary Research. Shaw et al. Evolution. 2016.